يضم مركز استهداف تمويل الإرهاب سبع دول هي مملكة البحرين ودولة الكويت، وسلطنة عمان ودولة قطر والمملكة العربية السعودية ودولة الإمارات العربية المتحدة.  وتعمل اللجنة التنفيذية لمركز استهداف تمويل الإرهاب والمؤلفة من ممثل واحد لكل دولة عضو، على تحديد التوجه الاستراتيجي لمسارات العمل الثلاثة للمركز والإشراف على الميزانية، وتسهيل تنسيق الإجراءات المضادة المشتركة. كما يعمل ممثلو الدول الأعضاء في المركز كجهة تنسيق لجهود حكوماتهم في مجال مكافحة تمويل الإرهاب.

ويترأس المركز بالشراكة كل من المملكة العربية السعودية والولايات المتحدة الأمريكية.